##fileformat=VCFv4.2 ##ALT= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##GATKCommandLine.ApplyRecalibration= ##GATKCommandLine.GenotypeGVCFs= ##GATKCommandLine.SelectVariants.2= ##GATKCommandLine.SelectVariants= ##GATKCommandLine= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##reference=file:///mnt/ssd/MegaBOLT_scheduler/reference/hg38.fa ##source=HaplotypeCaller #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NB477XU3 chr1 13273 rs531730856 G C 279.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-7.910e-01;QD=6.82;ReadPosRankSum=-2.800e-01;SOR=0.836;VQSLOD=2.80;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:308,0,793 chr1 13417 rs777038595 C CGAGA 731.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.310e-01;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.742;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.376;VQSLOD=1.67;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:32,21:53:99:0|1:13417_C_CGAGA:769,0,1267:13417 chr1 13813 rs1213979446 T G 292.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570e+00;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.980e+00;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.58;SOR=0.177;VQSLOD=-1.185e+00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:24,10:34:99:0|1:13813_T_G:321,0,943:13813 chr1 13838 rs28428499 C T 277.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.73;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.189e+00;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.820e-01;SOR=0.126;VQSLOD=-1.350e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:29,10:39:99:0|1:13813_T_G:306,0,1062:13813 chr1 14464 rs546169444 A T 821.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.30;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=3.40;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.55;SOR=0.492;VQSLOD=-1.313e-01;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:850,0,1317 chr1 15274 rs2758118 A G 248.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.535e+00;QD=20.73;ReadPosRankSum=1.74;SOR=0.223;VQSLOD=0.042;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:15:3:235,0,3 chr1 15903 rs557514207 G GC 405.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=34.24;SOR=2.494;VQSLOD=2.82;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:443,33,0 chr1 19190 rs1346737557 GC G 12.96 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.966e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=0.36;ReadPosRankSum=-3.098e+00;SOR=0.160;VQSLOD=-2.861e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,4:36:50:50,0,1151 chr1 20094 rs1164429545 TAA T 243.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=26.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.670e-01;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.368e+00;SOR=0.002;VQSLOD=-4.007e+00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:26,9:35:99:0|1:20094_TAA_T:281,0,1065:20094 chr1 20098 rs1293476743 CAG C 243.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.97;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=26.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.670e-01;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.341e+00;SOR=0.002;VQSLOD=-4.001e+00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:26,9:35:99:0|1:20094_TAA_T:281,0,1065:20094 chr1 20129 rs12354148 C T 129.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.020e-01;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.933;SOR=1.058;VQSLOD=1.56;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:48:99:158,0,876 chr1 20250 rs11490226 T C 122.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211e+00;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.600e-01;QD=2.41;ReadPosRankSum=-6.530e-01;SOR=0.415;VQSLOD=-1.126e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,11:51:99:151,0,1279 chr1 20316 rs1320311790 GA G 155.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.340e-01;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.40;SOR=1.656;VQSLOD=-1.115e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,8:38:99:193,0,1063 chr1 20595 rs3950647 A G 131.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.951;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.217e+00;SOR=0.399;VQSLOD=0.336;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:160,0,269 chr1 29571 rs1489357549 G C 46.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036e+00;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-8.420e-01;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.645e+00;SOR=1.022;VQSLOD=0.128;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54:75,0,54 chr1 38742 rs437145 C T 69.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.240e-01;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=13.99;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=1.981;VQSLOD=-1.364e+00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14:98,0,14 chr1 39024 rs1335771659 TC T 124.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.310e-01;QD=20.79;ReadPosRankSum=-1.834e+00;SOR=1.329;VQSLOD=0.653;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:2,4:6:72:0|1:39015_A_C:162,0,72:39015 chr1 39261 rs11489793 T C 384.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.064e+00;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.350e-01;SOR=0.132;VQSLOD=0.651;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:413,0,701 chr1 39602 rs1480690204 G A 37.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.068e+00;QD=4.72;ReadPosRankSum=-6.190e-01;SOR=0.693;VQSLOD=0.829;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:6,2:8:66:0|1:39602_G_A:66,0,239:39602 chr1 39604 rs1180903343 T C 37.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.068e+00;QD=4.72;ReadPosRankSum=-6.190e-01;SOR=0.693;VQSLOD=0.816;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:6,2:8:66:0|1:39602_G_A:66,0,239:39602 chr1 47960 rs796517829 T A 235.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.00;QD=7.61;ReadPosRankSum=-2.230e-01;SOR=0.352;VQSLOD=0.690;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:264,0,472 chr1 48448 rs201336010 C T 331.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.00;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.836;VQSLOD=3.00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:360,0,225 chr1 49298 rs10399793 T C 578.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.150e-01;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.21;QD=12.58;ReadPosRankSum=-9.930e-01;SOR=1.814;VQSLOD=0.334;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:25,21:46:99:1|0:49291_C_T:607,0,764:49291 chr1 49554 rs539322794 A G 189.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968e+00;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.68;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.588;VQSLOD=-1.089e+00;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:218,0,146 chr1 50481 rs777665356 GGT G 287.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=29.43;SOR=4.407;VQSLOD=-4.922e-01;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:325,24,0 chr1 51479 rs116400033 T A 1030.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.31;POSITIVE_TRAIN_SITE;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.83;SOR=0.260;VQSLOD=2.20;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:1059,0,1010 chr1 51803 rs62637812 T C 772.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.982e+00;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.98;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.946e+00;SOR=0.927;VQSLOD=0.986;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:801,0,873 chr1 51928 rs78732933 G A 420.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=13.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.465e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.44;SOR=2.139;VQSLOD=-1.239e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,17:62:99:449,0,1245 chr1 52238 rs2691277 T G 1100.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=30.58;SOR=1.061;VQSLOD=4.94;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1129,107,0 chr1 54490 rs141149254 G A 479.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.574;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.40;SOR=0.693;VQSLOD=2.61;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:508,0,1062 chr1 55131 rs3091275 A G 192.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.700e+00;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.147e+00;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.087e+00;SOR=1.802;VQSLOD=-7.480e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:221,0,446 chr1 55164 rs3091274 C A 775.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=30.19;SOR=4.804;VQSLOD=1.35;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:804,66,0 chr1 55545 rs28396308 C T 597.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=7.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.203e+00;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.007e+00;SOR=1.502;VQSLOD=0.096;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:626,0,424 chr1 55926 rs13343114 T C 572.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=24.90;SOR=0.963;VQSLOD=3.13;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:68:601,68,0 chr1 56381 rs4315454 T C 589.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.256e+00;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-9.200e-02;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.590e+00;SOR=0.495;VQSLOD=1.31;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:618,0,642 chr1 57856 rs199609147 T A 532.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.130e-01;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.382;VQSLOD=0.655;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:561,0,779 chr1 57952 rs2691334 A C 251.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=27.98;SOR=1.402;VQSLOD=2.86;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:280,27,0 chr1 58211 rs2691335 A G 614.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=27.94;SOR=6.273;VQSLOD=-1.659e+00;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:643,66,0 chr1 58771 rs75024357 T C 873.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.993e+00;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=13.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.424e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.520;SOR=1.910;VQSLOD=-1.329e+00;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:902,0,1156 chr1 58814 rs114420996 G A 564.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=16.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=2.68;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=6.49;ReadPosRankSum=-7.700e-01;SOR=1.286;VQSLOD=-1.948e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:87:99:593,0,1575 chr1 59040 rs62637815 T C 524.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.769e+00;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.150;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.18;SOR=0.693;VQSLOD=3.22;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:553,0,757 chr1 60351 rs62637817 A G 646.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.792e+00;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=11.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.68;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.734e+00;SOR=0.954;VQSLOD=-1.696e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:675,0,1250 chr1 61442 rs2531261 A G 1815.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQRankSum=-1.771e+00;QD=32.42;ReadPosRankSum=-6.190e-01;SOR=0.436;VQSLOD=3.27;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1844,132,0 chr1 61920 rs62637820 G A 424.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.890e-01;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.462e+00;QD=7.20;ReadPosRankSum=-8.000e-03;SOR=1.574;VQSLOD=-7.433e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:453,0,1292 chr1 61987 rs76735897 A G 978.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.082e+00;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.422e+00;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.54;SOR=0.590;VQSLOD=0.705;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:36,27:63:99:0|1:61987_A_G:1007,0,1421:61987 chr1 61989 rs77573425 G C 978.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.668e+00;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.70;SOR=0.674;VQSLOD=0.625;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:36,27:64:99:0|1:61987_A_G:1007,0,1421:61987 chr1 62203 rs28402963 T C 436.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575e+00;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-7.496e+00;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.08;SOR=1.150;VQSLOD=-6.574e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:60:99:465,0,1388 chr1 62239 rs375143083 TAC T 261.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.959e+00;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.75;SOR=1.522;VQSLOD=-1.096e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,10:45:99:299,0,1368 chr1 62777 rs3844233 A T 491.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.93;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.81;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.600e-02;SOR=1.118;VQSLOD=0.562;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,18:61:99:520,0,1237 chr1 63268 rs28664618 T C 337.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.253e+00;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=8.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.423e+00;QD=6.37;ReadPosRankSum=-7.690e-01;SOR=1.916;VQSLOD=-9.191e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:366,0,1028 chr1 63516 rs62639101 A G 23.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.442e+00;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-8.130e-01;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.187e+00;SOR=0.892;VQSLOD=1.90;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:37:52:52,0,850 chr1 63527 rs62639102 T C 246.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.256e+00;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.366e+00;QD=6.85;ReadPosRankSum=-7.630e-01;SOR=1.251;VQSLOD=-7.077e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:275,0,651 chr1 63735 rs201888535 CCTA C 886.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.80;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.368;VQSLOD=1.64;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:924,0,1095 chr1 64548 rs771510052 A C 396.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.767e+00;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.852;QD=11.34;ReadPosRankSum=-8.140e-01;SOR=0.059;VQSLOD=0.405;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:23,12:35:99:0|1:64548_A_C:425,0,893:64548 chr1 64552 rs749441654 G A 390.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.796;QD=10.56;ReadPosRankSum=-7.220e-01;SOR=0.155;VQSLOD=0.400;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:25,12:37:99:0|1:64548_A_C:419,0,950:64548 chr1 64649 rs181431124 A C 655.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.465e+00;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-9.550e-01;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.374;VQSLOD=-1.273e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:83:99:684,0,2037 chr1 64931 rs62639104 G A 718.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.61;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=8.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.021e+00;QD=9.33;ReadPosRankSum=-6.250e-01;SOR=1.594;VQSLOD=-1.452e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:747,0,1427 chr1 66162 rs62639105 A T 44.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.86;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.244e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=2.49;ReadPosRankSum=-9.570e-01;SOR=1.329;VQSLOD=-1.503e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:73:73,0,360 chr1 66231 rs1491341389 TAA T 202.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.740e-01;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.693;VQSLOD=3.21;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:240,0,150 chr1 66236 . TATATTATATTATATAATATATAATATAAATATAATATAA T 116.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-7.650e-01;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.609;VQSLOD=-7.460e-02;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:154,0,197 chr1 66442 rs1269543122 T TCTATATA 34.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-7.920e-01;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=5.79;ReadPosRankSum=-6.970e-01;SOR=0.086;VQSLOD=-1.562e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:7:72:72,0,162 chr1 66507 rs12401368 T A 103.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800e-01;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.00;QD=14.82;ReadPosRankSum=-4.840e-01;SOR=0.941;VQSLOD=0.976;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:132,0,99 chr1 69270 rs201219564 A G 269.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=17.98;SOR=4.047;VQSLOD=-6.787e-01;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:43:298,43,0 chr1 69511 rs2691305 A G 534.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=26.74;SOR=0.693;VQSLOD=3.10;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:563,60,0 chr1 71846 rs1364540880 CT C 264.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=4.46;QD=11.51;ReadPosRankSum=-2.460e-01;SOR=0.616;VQSLOD=3.70;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:302,0,335 chr1 71875 rs12402780 G A 233.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.69;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.248e+00;QD=9.35;ReadPosRankSum=-2.180e-01;SOR=0.622;VQSLOD=1.61;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:262,0,354 chr1 72862 rs1387252822 G A 69.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.72;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.227e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.383;SOR=2.584;VQSLOD=-1.876e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:25:98:98,0,381 chr1 73842 rs200379008 CT C 451.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330e-01;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.446e+00;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.644;SOR=1.911;VQSLOD=0.107;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:489,0,472 chr1 74636 rs62641290 G A 21.80 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.930e-01;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.804;VQSLOD=1.52;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:50:50,0,601 chr1 74681 rs13328683 G T 870.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=34.83;SOR=4.174;VQSLOD=2.18;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:899,75,0 chr1 76522 rs62641295 C A 396.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=7.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.906;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.626e+00;SOR=0.132;VQSLOD=0.354;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:425,0,538 chr1 76838 rs563953605 T G 699.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168e+00;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.232e+00;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.863;VQSLOD=1.25;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:728,0,620 chr1 77866 rs563593912 C T 427.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.75;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.176e+00;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.702;VQSLOD=3.04;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:30,13:43:99:0|1:77866_C_T:456,0,1175:77866 chr1 77874 rs62641297 G A 433.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.91;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.213e+00;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.836;VQSLOD=3.28;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:28,13:41:99:0|1:77866_C_T:462,0,1137:77866 chr1 79050 rs2949413 G T 117.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=23.58;SOR=3.611;VQSLOD=0.889;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:146,15,0 chr1 81343 rs78895902 A G 616.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.746e+00;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.148e+00;QD=9.95;ReadPosRankSum=-3.030e-01;SOR=1.162;VQSLOD=0.426;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:645,0,1023 chr1 82133 rs1321687280 CAAAA C,CAA 408.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;QD=29.21;SOR=1.802;VQSLOD=4.29;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,7,4:11:99:446,157,178,281,0,261 chr1 82734 rs4030331 T C 442.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387e+00;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.052e+00;POSITIVE_TRAIN_SITE;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.37;SOR=0.719;VQSLOD=4.46;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:471,0,719 chr1 83084 rs4030326 T A 595.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;POSITIVE_TRAIN_SITE;QD=33.10;SOR=2.303;VQSLOD=4.43;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:624,54,0 chr1 84006 rs199560534 G A 58.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQRankSum=-3.190e-01;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=14.56;SOR=1.609;VQSLOD=-1.390e+00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:4:85,4,0 chr1 87190 rs1524602 G A 639.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545e+00;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.909e+00;QD=15.60;ReadPosRankSum=-1.779e+00;SOR=0.941;VQSLOD=1.51;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:43:99:668,0,633 chr1 88169 rs940550 C T 534.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.59;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=10.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.372e+00;POSITIVE_TRAIN_SITE;QD=10.49;ReadPosRankSum=-6.420e-01;SOR=1.382;VQSLOD=1.81;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:563,0,870 chr1 88338 rs55700207 G A 834.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.870e-01;POSITIVE_TRAIN_SITE;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.268e+00;SOR=0.976;VQSLOD=2.71;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:863,0,895 chr1 89946 rs138808727 A T 599.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508e+00;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.924;QD=12.24;ReadPosRankSum=-2.245e+00;SOR=0.422;VQSLOD=0.029;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:628,0,944 chr1 91336 rs4245763 A T 183.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910e-01;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=8.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.496e+00;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.079e+00;SOR=1.078;VQSLOD=-9.299e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:12,6:18:99:0|1:91336_A_T:212,0,463:91336 chr1 91354 rs4245764 G A 174.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804e+00;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.250e+00;QD=9.71;ReadPosRankSum=-3.750e-01;SOR=0.269;VQSLOD=0.036;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:12,6:18:99:0|1:91336_A_T:203,0,469:91336 chr1 91731 rs4319259 G A 300.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.000e-01;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=14.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.494e+00;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.978;VQSLOD=-5.290e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:329,0,884 chr1 92638 rs4430272 A T 510.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390e-01;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=14.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.335e+00;QD=10.42;ReadPosRankSum=-7.050e-01;SOR=1.769;VQSLOD=-5.140e-02;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:539,0,1066 chr1 92858 rs147061536 G T 870.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.23;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.763;VQSLOD=1.53;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:899,0,721 chr1 93097 rs62642102 C T 457.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.78;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=15.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.755e+00;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.223;SOR=1.095;VQSLOD=-2.281e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:486,0,644 chr1 94570 rs200113991 T G 29.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763e+00;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.410e-01;QD=1.75;ReadPosRankSum=-2.097e+00;SOR=0.465;VQSLOD=-8.800e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:58:58,0,318 chr1 95907 rs1205795475 A C 79.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210e+00;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.198e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=4.69;ReadPosRankSum=-2.520e-01;SOR=0.223;VQSLOD=-1.672e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:108,0,250 chr1 97960 rs62642103 A G 218.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.939e+00;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.541;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.143e+00;SOR=0.153;VQSLOD=0.348;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,16:59:99:247,0,1089 chr1 98618 rs538056427 TTGAC T 1200.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.550e-01;QD=18.19;ReadPosRankSum=-6.230e-01;SOR=1.504;VQSLOD=-1.216e+00;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:1238,0,1325 chr1 98945 rs75356303 C T 215.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.840e-01;QD=6.35;ReadPosRankSum=-7.940e-01;SOR=0.061;VQSLOD=0.160;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:244,0,657 chr1 98993 rs1851939 G A 96.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.276;QD=4.40;ReadPosRankSum=2.32;SOR=0.404;VQSLOD=-6.625e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:22:99:125,0,621 chr1 98999 rs1406394177 TTTTATTTA T,TTTTATTTATTTA 592.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=29.40;SOR=5.549;VQSLOD=-5.052e+00;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,7,8:15:99:630,336,314,294,0,271 chr1 99388 rs556128788 G T 336.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.81;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-6.480e-01;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.580e-01;SOR=0.656;VQSLOD=3.12;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:365,0,131 chr1 100876 rs4096704 T C 292.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833e+00;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.520e-01;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.437;SOR=1.368;VQSLOD=-3.082e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:321,0,365 chr1 101158 rs62642107 T C 472.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=27.81;SOR=0.804;VQSLOD=3.03;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:501,51,0 chr1 101393 rs1369356725 T C 12.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879e+00;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=11.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.412e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.610;VQSLOD=-8.949e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:38:41:41,0,1026 chr1 103905 rs62642112 A G 388.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.612e+00;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.081e+00;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.536;VQSLOD=2.46;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:417,0,567 chr1 103984 rs796977329 G A 94.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.20;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.795e+00;QD=2.31;ReadPosRankSum=-4.700e-02;SOR=0.804;VQSLOD=2.20;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:41:99:123,0,718 chr1 104033 rs4287120 T C 304.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.807e+00;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.668e+00;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.02;SOR=0.737;VQSLOD=2.65;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:333,0,890 chr1 104108 rs4492556 A G 32.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179e+00;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.585e+00;QD=1.37;ReadPosRankSum=-9.600e-01;SOR=0.368;VQSLOD=-1.315e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:24:61:61,0,619 chr1 105279 rs3872163 G C 387.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340e-01;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.830e-01;QD=9.02;ReadPosRankSum=-2.141e+00;SOR=0.297;VQSLOD=0.109;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:416,0,519 chr1 105445 rs4098324 G A 220.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020e-01;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.740e-01;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.179;VQSLOD=-5.083e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:249,0,617 chr1 105700 rs879376164 T G 102.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108e+00;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.950e-01;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.340;VQSLOD=-1.298e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:34,6:40:99:0|1:105700_T_G:131,0,1355:105700 chr1 105702 rs879474034 A G 102.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113e+00;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.950e-01;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.800e-01;SOR=0.340;VQSLOD=-1.268e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:34,6:40:99:0|1:105700_T_G:131,0,1355:105700 chr1 106544 rs4109809 C G 42.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=21.37;SOR=2.303;VQSLOD=0.733;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0 chr1 106691 rs879731066 G A 203.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.94;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.430e-01;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.40;SOR=0.340;VQSLOD=0.263;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:232,0,226 chr1 107755 rs62642116 G C 218.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272e+00;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=2.15;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.904e+00;SOR=0.116;VQSLOD=-1.544e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:247,0,456 chr1 107970 rs199614332 G A 231.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-2.124e+00;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.684;SOR=2.170;VQSLOD=-6.167e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:260,0,340 chr1 108297 rs4109806 A C 257.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034e+00;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.450e+00;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.892;VQSLOD=2.59;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:286,0,758 chr1 108310 rs74747225 T C 218.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.850e-01;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=13.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.246e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=5.34;ReadPosRankSum=-2.208e+00;SOR=1.243;VQSLOD=-1.196e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:247,0,1110 chr1 108365 rs79073610 A G 233.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.095e+00;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=11.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.303e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=4.17;ReadPosRankSum=-2.105e+00;SOR=1.022;VQSLOD=-1.387e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:99:262,0,1219 chr1 108413 rs4457511 T G 418.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.103e+00;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.104e+00;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.574;VQSLOD=-8.405e-01;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:62:99:447,0,1216 chr1 108545 rs368700889 C CA 759.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.930e-01;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.270e+00;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.719;VQSLOD=3.82;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:54:99:797,0,602 chr1 108826 rs62642117 G C 585.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922e+00;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.934e+00;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.059e+00;SOR=0.754;VQSLOD=-1.403e+00;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,30:101:99:614,0,1976 chr1 109488 rs368216254 G A 125.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.69;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-1.427e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.762e+00;SOR=2.303;VQSLOD=-1.751e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:99:154,0,619 chr1 109575 rs1459813966 CGTGT C 192.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=13.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.860e-01;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=16.06;ReadPosRankSum=1.19;SOR=4.168;VQSLOD=-2.587e+00;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:5,7:12:87:0|1:109575_CGTGT_C:230,0,87:109575 chr1 110703 rs878944544 C T 119.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.87;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=2.21;QD=6.30;ReadPosRankSum=-8.460e-01;SOR=0.648;VQSLOD=1.82;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:148,0,282 chr1 110752 rs71262458 C A 173.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.62;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.492;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.844;VQSLOD=2.26;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,12:51:99:202,0,956 chr1 111029 rs879280720 T C 83.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.388e+00;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.698;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.634;VQSLOD=1.39;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:99:112,0,538 chr1 111371 rs796221635 A G 294.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.040e-01;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQRankSum=-1.300e-01;QD=21.00;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.609;VQSLOD=2.09;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12:322,12,0 chr1 111735 rs867291920 C A 68.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.66;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.00;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.892;VQSLOD=1.17;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:72:97,0,72 chr1 112256 rs1269242472 G A 13.95 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.800e-02;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-4.140e-01;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.693;VQSLOD=0.293;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:42:42,0,170 chr1 113682 rs368487483 A G 405.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.230e-01;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=1.36;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.421e+00;SOR=1.324;VQSLOD=0.189;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:434,0,399 chr1 118504 rs3934127 C G 287.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.180e-01;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=2.56;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.272;SOR=2.303;VQSLOD=-9.631e-01;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:316,0,132 chr1 118617 rs4117994 T C 382.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.309e+00;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-5.619e+00;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.022;VQSLOD=1.13;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:45:99:411,0,864 chr1 120458 rs4109820 T C 107.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=21.58;SOR=3.611;VQSLOD=0.731;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:136,15,0 chr1 120705 rs4117992 T C 266.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=33.35;SOR=4.407;VQSLOD=1.99;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:295,24,0 chr1 122815 rs376014009 A G 159.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656e+00;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.639;QD=5.51;ReadPosRankSum=-9.410e-01;SOR=0.693;VQSLOD=1.64;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:188,0,453 chr1 123511 rs377389630 G A 236.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=21.52;SOR=4.977;VQSLOD=-7.423e-01;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:265,33,0 chr1 123642 rs370064167 T G 487.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.900e-01;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQRankSum=1.33;QD=24.39;ReadPosRankSum=-1.740e-01;SOR=4.615;VQSLOD=0.908;culprit=SOR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:35:516,35,0 chr1 125271 rs3871807 C T 271.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=22.65;SOR=0.693;VQSLOD=2.00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:300,36,0 chr1 126113 rs79114531 C A 957.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;QD=31.93;SOR=1.143;VQSLOD=4.00;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:986,90,0 chr1 126268 rs62642127 G C 113.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537e+00;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-3.301e+00;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=2.92;ReadPosRankSum=-7.570e-01;SOR=1.524;VQSLOD=-1.957e+00;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:39:99:142,0,793 chr1 1272